بازی Resident Evil 4 اندروید به ۶ سال پس از رویدادهای پس از نابودی شهر مشهور راکون مربوط می‌شود. شخصیت اصلی بازی لیان اسکات کندی است که در سری دوم بازی رزیدنت ایول در کنار کلر ردفیلد بود. در پایان بازی Resident Evil 4 اندروید آ، لیان اس. کندی مجبور شد تا برای دولت ایالات متحده کار کند. مدتی بعد و پس از ورود به تیم حفاظت از رئیس جمهور ایالات متحده و خانواده‌اش، باید نخستین ماموریت خود را در قالب این مسئولیت جدید انجام دهد.

دختر رئیس جمهور آمریکا توسط گروهی نامشخص ربوده شده‌است. لیان، شخصی است که باید او را نجات داده و به وطن بازگرداند. اطلاعات جاسوسی نشان می‌داد که دختری که بسیار شبیه اشلی است در یک روستای اسپانیایی دیده شده‌است.لیان خود را به این روستا رساند و درگیر کابوسی جدید شد. با پیشبرد داستان مشخص می‌شود که گروهی مذهبی به نام لوس ایلامینادوس (به فارسی: برترین روشن‌فکران)، اشلی گراهام را ربوده‌است.

این گروه مذهبی، برای گسترش پیروان خود از انگل لاس پلاگاس (به فارسی: آفت و بلا) استفاده می‌کرد. کنترل کامل فکر و رفتار هر موجودی که به این انگل مبتلاست، در اختیار رهبران گروه لوس ایلامینادوس خواهد بود. مبتلایان به این انگل، دیگر یک زامبی نیستند؛ آنها لوس گانادوس (به فارسی: گله گاو) نام دارند. اسموند سدلر رهبر اصلی این گروه در سدد بود، تا به این وسیله مذهب خود را گسترش دهد و توازن قدرت در دنیا را از دولت امریکا گرفته و به خود منتقل کند، به همین دلیل گروه مذهبی او دختر رئیس جمهور را ربودند، تا با وارد کردن انگل به بدن او، قدرت خودشان را به رخ دولت آمریکا بکشانند.

لیان در ادامه با شخصی به نام لوئیس سرا آشنا می‌شود که پیش از این یک پلیس در شهر مادرید بود، اما اینک به عنوان یک دانشمند برای گروه ایلامینادوس کار می‌کند. البته لوئیس از همکاری با این گروه دست می‌کشد و برای نابودی آن، به لیان کمک می‌کند. سرانجام لیان اس. کندی، اشلی را پیدا می‌کند و به همراه او در تلاش برای خروج از آن مکان برمی‌آید. لیان در جریان تلاش خود، تمام پیروان انگلی این مذهب را به همراه رهبرشان نابود کرده و سرانجام با اشلی به سمت وطن برمی‌گردد.

نکته‌های دیگر درباره‌ی داستان این بازی حضور ایدا وانگ و جک کراوزر در بازی است. ایدا همانند داستان رزیدنت ایول ۲ ماموریتی از طرف وسکر داشت. او باید نمونه‌ی انگل لاس پلاگاس را برای سازمان به دست می‌آورد. او سرانجام موفق به این کار شد؛ پس از نابود شدن سدلر نمونه‌ی انگل به دست لیان افتاد اما ایدا با تهدید، آن را از لیان گرفته و سپس فرار می‌کند. جک کراوزر نیز که پیش از این در یک ماموریت در کنار لیان بود، اینک برای سدلر فعالیت می‌کند. او در نهایت پس از چند مبارزه با لیان کشته می‌شود؛ این سرانجام او نبود و کراوزر سرانجام توسط ایدا نابود می‌شود. لوئیس نیز، پس از دراختیار گذاردن قرص‌های مخصوصی به لیان، جان خود را از دست می‌دهد. او به شدت توسط سدلر مجروح شده بود